Sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 Tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Daerah Provinsi DKI Jakarta Nomor 5 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta, maka Dinas Pelayanan Pajak Provinsi DKI Jakarta melakukan pembenahan organisasi dengan kembali menjalankan fungsi retribusi daerah yang sebelumnya hanya melakukan pelayanan pajak daerah.
Kini, berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pendapatan Daerah, SKPD ini lebih fokus dalam melaksanakan tugasnya sebagai pengelola pendapatan daerah dalam pemungutan pajak dan retribusi daerah.
Susunan Struktur Organisasi Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) adalah sebagai berikut :
Struktur Bidang-Bidang Bapenda
Struktur Unit Kerja Bapenda
Struktur Unit PKB dan BBN-KB Bapenda
Untuk Informasi tentang Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi (PPID) dapat dilihat di PPID BPRD.
