Jakarta SmartTax dilaksanakan secara mandiri oleh Bapenda Provinsi DKI Jakarta dengan merekrut tenaga ahli, tenaga terampil, dan tenaga pendukung secara perorangan, yang selanjutnya mengisi formasi struktur organisasi pada 5 (Lima) Unit yang memiliki tugas pokok dan fungsinya masing-masing. Unit kerja tersebut, yaitu: